Lekcja otrzymana pod Mohaczem niczego nie nauczyła ani magnaterii, ani szlachty. Tuż po wycofaniu się Turków stronnictwa magnackie od nowa rozpoczęły walkę ze sobą, tym razem o osadzenie na tronie swego kandydata. I tak w Tokaju w 1526 roku stronnictwo szlacheckie, zrzuciwszy uprzednio winę za klęskę na obcych władców, ogłosiło królem Zápolyę (koronowano go w listopadzie). Tymczasem zaimprowizowany sejm w Pozsony, na mocy układu wiedeńskiego z 1515r., powołał na tron Ferdynanda Habsburgskiego, wcześniej już osadzonego na tronie czeskim. Tak rozpętała się kolejna wojna domowa. Zápolya panował nad większością terytorium państwa, a niekoronowanego jeszcze króla niemieckiego poparły jedynie niektóre komitaty zachodnie. Ale Ferdynand nie rezygnował - w lipcu 1527r. wkroczył na Węgry z potężną armią zaciężną, zwyciężył wojska Zápolyi i koronował się w Białogradzie. W ten sposób Węgry zyskały dwóch królów jednocześnie: Jana (1526-1540) oraz Ferdynanda I (1526-1564). Jan zmuszony był zbiec z kraju, a schronienie znalazł w Polsce. Stamtąd poszukiwał poparcia (znalazł je we Francji), a także przebywając tam poddał się Turcji. Miało to bardzo brzemienne w skutki konsekwencje. Od tej pory pod "opieką" sułtana Sulejmana i przy wsparciu jego wojsk mógł rozpocząć aktywną walkę o odzyskanie panowania nad Węgrami. Stronnictwo Ferdynanda I szybko topniało, a magnaci masowo przechodzili na stronę Zápolyi, przerażeni wkraczającą armią turecką. Niemiecki król szybko też tracił władzę na poszczególnych terenach, tak, że pod koniec lat dwudziestych ponownie cieszył się poparciem jedynie niektórych zachodnich komitatów. Inwazja turecka załamała się jednak pod Wiedniem, a zebrawszy siły Habsburg ponownie obległ Budę w 1530r. Wkrótce okazało się, że żadna ze stron nie była w stanie przeprowadzić ostatecznej rozgrywki i zyskać pełni władzy. Taki stan rzeczy utrwalał się. W 1538r. Zápolya i Ferdynand podpisali tajny układ w Waradynie, w którym dzielili kraj na dwie połowy - w części południowo-zachodniej panować miał król Habsburski, zaś w północno-wschodniej - Zápolya. Układ przewidywał również przejęcie tronu przez Ferdynanda, jeśli Węgier zmarłby bez męskiego potomka. Tymczasem niedługo potem Zápolya faktycznie zmarł - ale pozostawił urodzonego kilka miesięcy wcześniej syna Jana Zygmunta. Oczywiście stronnictwo szlacheckie od razu uznało niemowlę królem, nadając mu imię Jana II. Habsburgowie nie zgodzili się oczywiście z ta decyzją i zebrawszy ponownie znaczne siły rozpoczęły zbrojne natarcie, chcąc uzyskać władzę nad całym terytorium Węgierskim. Nie mógł dopuścić do tego Sulejman, a wojownicze wojska tureckie w 1541r. wkroczyły do Budy. Wkrótce cała środkowa część kraju została przyłączona do Turcji w ramach zapłaty za interwencję, a Jan II otrzymał w lenno Siedmiogród i kraj na wschód od Cisy. Kraj węgierski podzielony został na trzy części - na zachodzie panował Ferdynand, na wschodzie - Jan II, zaś w środek między nich wrzynał się przyczułek sułtański. Plany zjednoczenia Węgier pod panowaniem Sulejmana, snute przez stronnictwo Zápolyi, legły w gruzach. Koniecznością chwili stało się zjednoczenie kraju pod siłami Habsburgów. Nie istniała wtedy inna możliwość walki z Turkami, co doskonale czuł biskup Jerzy, w imieniu małoletniego Jana II sprawujący władzę w królestwie wschodnim. Skupił on w swoich rękach potężną moc, którą bez ogródek wykorzystywał przeciw matce króla, Izabeli Jagiellonce, bezustannie intrygującej przeciw niemu, a także do unikania zaleceń sułtańskich. Wiedział, że jedynie stworzenie silnego ośrodka węgierskiego, z którego będzie można rozpocząć walkę o niepodległość, ułatwi odniesienie zwycięstwa sztandarom habsburskim. W 1549r. podpisał tajny układ z Ferdynandem, zobowiązując się złączyć królestwo wschodnie z zachodnim pod jego koroną, którego jednak nie uznała Izabela. Zwróciła się do sułtana o pomoc, jednak zanim ten zdążył zareagować, zmuszono ją do zrezygnowania z korony w imieniu swego syna i opuszczenia kraju. Udała się do Polski. Tymczasem biskup stwarzał fakty dokonane. Zebrany na jego wezwanie sejm złożył przysięgę na wierność Habsburgowi i ponad 2/3 kraju zostało zjednoczone. Zabór turecki znalazł się w kleszczach sił węgierskich i Jerzy liczył, że teraz Ferdynand wyruszy z armią na Budę w celu wypędzeniu z niej nieprzyjaciela. Nic takiego nie nastąpiło. Król, usatysfakcjonowany bezproblemowym powiększeniem swego terytorium, nadał tylko biskupowi szereg godności, ale wojsk nie ruszył. Zareagował jedynie na alarmujące wieści z granicy wschodniej, gdzie rozwścieczony sułtan usiłował odzyskać utracone wpływy nad królestwem wschodnim. Mianowany wojewodą siedmiogrodzkim Jerzy nie mógł uwierzyć w zdradę. Usiłował grać na zwłokę, z jednej strony obłaskawiając Turków, z drugiej oczekując pomocy militarnej od króla. Ten przysłał mu jednak jedynie mały oddział żołnierzy i (już) kardynał zmuszony był rozpocząć walkę samodzielnie. Odniósł w niej szereg zwycięstw, a potem uznał propozycję pokoju, z jaką wystąpił jeden z obleganych dowódców tureckich. Akt ten uznano za zdradę stanu, a życie kardynała Jerzego zakończyło się w skrytobójczym spisku. Habsburgowie nie spieszyli z pomocą królestwu wschodniemu nawet wtedy, gdy stało się ono sceną nowych krwawych walk z Turkami. Sułtan zdobywał terytorium węgierskie krok po kroku i twierdza po twierdzy, choć wszędzie napotykał zdecydowany i zaciekły opór lokalnej społeczności. W1566r, w czasie jednego z oblężeń, pod murami Szigetváru zmarł Sulejman II. Schedę po nim objął Selim III, jednak od tej chwili potęga turecka zaczęła powoli słabnąć, a w 1568r. w Annopolu nowy sułtan zawarł pokój z Maksymilianem (następca Ferdynanda), którym zamknął ponad czterdziestoletni okres wojen tureckich. Dalej