Ani Turcy, ani Habsburgowie nie podejmowali wojen zaczepnych, jednak drobne ataki oddziałów sułtana na przygraniczne tereny stały się normą. Wkrótce cała granica zmieniła się w warowny pas umocnień, a wszystkie opustoszałe budowle natychmiast przekształcano w twierdze, dzielnie bronione przez załogi węgierskie. Zabór turecki obejmował środkową część kraju, w tym Budę, Ostrzyhom (Estergom) i Białograd. W następstwie wojen i okupacji tereny te uległy znacznemu wyludnieniu i zniszczeniu, większość mieszkańców zbiegła do królestwa Habsburgów, część także do Siedmiogrodu. Na miejscu pozostali jedynie chłopi i biedota, którzy stali się łatwym łupem okupanta. Wielu z nich popędzono w jasyr i sprzedano na targach niewolniczych w Konstantynopolu i Azji Mniejszej. Pozostali na miejscu z przerażeniem opuszczali dawne wioski i miasta i gromadzili w większych skupiskach, ich ziemia jałowiała i porastała lasem, a w miejskich ośrodkach wyrastały minarety, meczety i wschodnie bazary. Turcy nie znali pojęcia własności. Wszystkie tereny stanowiły własność sułtana, który najwierniejszym żołnierzom mógł dzierżawić ich część, zachowując jednak prawo do nadrzędnej władzy nad nimi. Ludność pracująca na tych terenach nie miała żadnych praw, a jej obowiązkiem było płacenie podatku zwanego "haradż" i innych - nadzwyczajnych. Chłopi węgierscy, nie mogąc wywiązać się z nakładanych na nich opłat, często porzucali ziemię i stawali się pasterzami i koczownikami, by w razie kolejnego ataku móc szybko przemieszczać się i ratować przynajmniej jakąś część swojego inwentarza. Na ich miejsce przychodzili chłopi z Bałkanów. Okres panowania tureckiego w XVI wieku bez wątpienia uznać należy za grabieżczy, natomiast ten w XVII wieku cechowała większa łagodność celem utrzymania podbitych terenów. Tymczasem Habsburgowie zaczęli traktować terytorium królestwa zachodniego (dawne ziemie węgierskie) za wygodny pas osłaniający ich terytorium przed atakami tureckimi. Już samo jego traktowanie jako przedpola walki stanowiło o jego traktowaniu. Węgrzy nie mieli żadnych praw, nie mogli decydować ani wyrażać swych opinii w sprawie polityki zagranicznej, wojskowej ani finansowej. Zachowano tradycję zbierania się sejmu, jednak jego jedynym zadaniem stało się wkrótce aprobowanie nowych podatków i zarządzeń Wiednia. Niezależność zachowano jedynie w sprawach sądowych. Magnateria i szlachta zdawali sobie sprawę, że ich egzystencja uzależniona była od kaprysów króla, dlatego milcząco godziła się na wyższe opłaty i zrezygnowała wkrótce z prawa elekcji króla. Całkowitą niezależność przysługiwała natomiast samorządom komitackim. Idea walki o niepodległość nie upadła jednak zupełnie. Powoli odradzała się, szczególnie na terenach Siedmiogrodu, dokąd w 1556r. powróciła na wezwanie sejmu królowa Izabela z synem Janem Zygmuntem. Powitał ich Stefan Batory, późniejszy król Polski, rad z ponownego odradzania się królestwa Zápolyich. Choć okrojone terytorialnie i obejmujące jedynie teren Siedmiogrodu, szybko zaczęło ustanawiać nowe prawa. Na mocy porozumienia "trzech narodów" (z wyłączeniem nie posiadającego jakichkolwiek praw chłopstwa rumuńskiego) i szlachty nadcisańskiej królowa otrzymała władzę absolutną, a jej decyzje nie były kwestionowane. W ten sposób udało jej się stworzyć stosunkowo silny ośrodek z władzą centralną, będący ostoją niepodległości również po jej śmierci i w czasie panowania jej syna. Po wygaśnięciu ostatnich nadziei na walkę postanowiono zlikwidować konflikt z Habsburgami. Ceną porozumienia stała się korona Jana Zygmunta. Przystał on na zrzeczenie się jej i otrzymanie jedynie tytułu książęcego, a także na uznanie Siedmiogrodu za organiczną część królestwa Węgierskiego. Układ podpisano w Spirze w 1571r, po asygnacji którego cztery dni później zmarł książę Jan Zygmunt. Faktycznym pierwszym księciem Siedmiogrodu stał się Stefan Batory. Dalej