Po śmierci Jana Zygmunta nowym księciem wybrany został (zatwierdzony przez sułtana) Stefan Batory. Uprawiał on politykę podobną do polityki kardynała Jerzego - mistrzowsko lawirował między Wiedniem i Stambułem, doskonale zdając sobie sprawę, że ani Habsburgowie, ani sułtan nie byli zainteresowani zmianą stanu rzeczy na Węgrzech. Uważał, że sprawę zjednoczenia Węgier należało odłożyć do momentu, w którym sama społeczność madziarska stwierdzi konieczność zmian i będzie mogła liczyć na międzynarodowe poparcie. Tej polityce sprzyjała postawa samego sułtana, który dystansował się od wewnętrznych spraw Siedmiogrodu i zainteresowany był jedynie regularnym otrzymywaniem należnej mu daniny. Pewne problemy wystąpiły jednakże na linii z Wiedniem, gdyż król Maksymilian odmawiał Batoremu prawa do tytułu księcia. Wysłał przeciw niemu oddziały pod dowództwem magnata Kacpra Bekies'a, jednak Batory dosłownie rozgromił je w bitwie i tym samym wywalczył należny tytuł. Rok później, w 1576r. został koronowanym królem Polski. Elekcja Batorego na tron polski wymogła na cesarzu Maksymilianie uznanie powstania niezależnego księstwa Siedmiogrodu. Połączyła również Węgry i Polskę kolejną unią personalną, a król rezydujący w Krakowie utrzymywał stałą komórkę do spraw Siedmiogrodu. Sprawy polityczne mniejszej wagi przekazywał swemu bratu Krzysztofowi, natomiast "wielką" politykę mającą na celu zjednoczenie Węgier prowadził sam. Niestety jego przedwczesna śmierć nie pozwoliła mu na realizację tych dalekosiężnych planów. Po śmierci Batorego Siedmiogród wszedł w fazę wstrząsów wewnętrznych, powodowanych nieodpowiedzialną i niedojrzałą polityką Zygmunta Batorego. W tym okresie imperium tureckie odniosło szereg klęsk (pod Lepanto w 1571r. i w wojnach perskich w 1578r.), toteż Habsburgowie postanowili rozpocząć wojnę zaczepną z sułtanem. Nazwano ją później wojną "długą" lub piętnastoletnią, a ziemie środkowych Wegier ponownie stały się polem bitewnym. Pierwsze zwycięstwa cesarza Zygmunt Batory poczytał jako dobrą monetę i rezygnując z polityki neutralności przyłączył się do stronnictwa habsburskiego. Odniesione nad Turkami zwycięstwa nie zostały odpowiednio wykorzystane przez dowódców austriackich, a w dalszej kampanii popełnili oni tyle błędów, że wręcz umożliwili Turkom podjęcie szerokiej kontrofensywy. W obliczu niebezpieczeństwa Zygmunt zrzekł się tytułu księcia i oddał ponownie Siedmiogród pod panowanie korony habsburskiej. Działania Zygmunta wywołały niezadowolenie stanów i były książę nie zdołał opanować sytuacji - władzę zmuszony był oddać sprowadzonemu z Polski biskupowi Andrzejowi Batoremu. W tym czasie do Siedmiogrodu wkroczył wojewoda wołoski Michał, który w porozumieniu z cesarzem austriackim również pragnął posiąść księstwo. W czasie walk z Michałem Andrzej zginął, sam Michał jednak również nie zdołał zrealizować swoich celów, gdyż zaatakowało go z północy wojsko polskie. Tak do Siedmiogrodu ponownie powrócił Zygmunt Batory, który po względnym opanowaniu sytuacji w 1602r. ponownie oddał tron Habsburgom, ostatecznie niwecząc dzieło swego wuja Stefana. Habsburgowie natychmiast rozpoczęli działania mające na celu wprowadzenie w Siedmiogrodzie monarchii absolutnej, bezwzględnie walcząc przy tym z rozwiniętym na tych terenach protestantyzmem. Religijny terror niemiecki spowodował zjednoczenie się siedmiogrodzkiego ruchu protestanckiego, który szybko stał się jednocześnie ruchem patriotycznym i pronarodowym, występującym przeciw kontrreformacji. To prawdziwej konfrontacji obu ugrupowań doszło w 1604r, w czasie wojny piętnastoletniej, gdy wybuchło trwające ponad dwa lata powstanie Bocskay'a. Powstanie rozpoczęło uzbrojone chłopstwo, prowadzące na rozległych terenach nizinnych wschodnich Węgier życie koczownicze - tzw. hajducy. Powodem rozpoczęcia się walk były nadużycia i gwałty austriackiego komendanta Koszyc, a na czele ich stanął Stefan Bocskay, bliski współpracownik Zygmunta Batorego. Porwał on za sobą nie tylko chłopstwo i mieszczan, lecz również liczną szlachtę, a nawet niektórych magnatów. Wkroczył na Górne Węgry, a jego powstanie szybko nabrało charakteru antyhabsburskiego. Sejm siedmiogrodzki mianował go księciem Siedmiogrodu i Węgier. Bocskay nie lekceważył sobie nigdy niebezpieczeństwa tureckiego, jednak uważał, że walka o niepodległość kraju będzie możliwa dopiero po zneutralizowaniu panowania cesarzy austriackich. W tym celu zawarł sojusz z sułtanem, co zmusiło dwór wiedeński do rozpoczęcia z nim negocjacji. Zakończono je w 1606r. podpisaniem pokoju w Wiedniu, na mocy którego ówczesny cesarz Rudolf (1576-1608) uznać musiał niezależność Siedmiogrodu (poszerzonego niejako "przy okazji" o kilka komitatów zachodnich), zagwarantować swobodę religijną na terenie Węgier oraz ograniczyć swą władzę absolutną tamże. Kolejnym zabiegiem Bocskaya było zażegnanie wojny austriacko-tureckiej, w związku z czym podjął się niełatwych mediacji między obiema stronami. Doprowadził do podpisania jeszcze w tym samym roku traktatu pokojowego w miejscowości Zsivatorok, przy czym wojna nie przyniosła żadnemu z państw żadnych korzyści ani terytorialnych, ani materialnych, a jedynie zostawiła wypaloną i wyludnioną ziemię węgierską. Bocskay nie zapomniał nigdy o hajdukach, którzy wynieśli go na scenę polityczną. Osiedlił ich w okolicach Debreczyna, w kraju Zacisańskim, a ich społeczność zorganizował na wzór siedmiogrodzkich Szeklerów. Nie podlegali więcej powinnościom pańszczyźnianym, ale tworzyli wolne chłopstwo. Hajducy zbuntowali się raz jeszcze, w 1608r, gdy po śmierci Bocskaya cesarstwo austriackie natychmiast powróciło do stosowania praktyk zabronionych na mocy podpisanego z nim pokoju. Tym razem na czele powstania stanął Andrzej Nagy, jednak chłopom nie udało się odnieść większych sukcesów (głównie za sprawą braku poparcia ze strony księcia Siedmiogrodu Gabriela Batorego). Król Maciej II (1608-1619) tak się jednak przestraszył, że szybko zlikwidował przyczyny niezadowolenia, czego wyrazem były uchwały sejmu w Pozsonyu w 1608r. Dalej